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被稱為足球小將的大空翼小時候在一次車禍中被足球所救，和足球結下瞭不解之緣。大空翼的夢想是帶領日本隊拿到世界杯冠軍。六年級時隨傢人轉學到南葛市，加入瞭南葛小學，邂逅瞭恩師羅伯特以及眾位此後一起征戰的夥伴們，一句“足球是朋友”，開啟瞭大空翼神話般的歷史。恩師羅伯特答應大空翼如果拿到全國冠軍就帶他去巴西。在困難重重之下，大空翼率領南葛小學拿到瞭全國少年足球大賽冠軍，但是羅伯特卻爽約一個人回去瞭。初中時進入瞭南葛初中並拿到瞭三連冠，而後他率領的日本少年隊在法國少年錦標賽中一舉奪魁，再會恩師羅伯特，前往巴西，加盟瞭第一支職業球隊聖保羅。（成長篇完結）三年後，世青杯比賽在佈魯爾加共和國舉行，日本青年隊再次集結，但是一個名叫賀茂港的人帶領的RJ7隊員將日本隊打得體無完膚，主教練見上辰夫也突發疾病，賀茂港在此關頭接下球隊。面對人員不整的情況下，日本青年隊奮力戰鬥，終於從亞洲區突圍，但是佈魯爾加共和國發生內戰，世青賽面臨取消。日本足協的片桐宗政提議日本接任主辦，就這樣世青賽得以順利舉行，而日本也不負眾望，一路過關斬將，最後擊敗瞭羅伯特率領的巴西隊，大空翼超越恩師。最後的獲勝感言，大空翼呼籲全世界，停止無
熱衷卡牌遊戲「萬智牌（MTG）」中學生男女的青春故事。成績萬年學年2位的神納與第1位澤渡經常發生沖突，因為在學校玩「萬智牌」被人認為「孩子氣」，被視作笨蛋被看不起而發怒。在離開當地卡牌商店後，與令人意外的角色相遇後，故事由此展開。除瞭「萬智牌」之外，故事舞臺1998年當時的遊戲與動畫也將在作中悉數登場。
遊戲王5DS漫畫是由全新的遊戲王動畫改編而成。故事的舞臺就是武藤遊戲等人曾經活躍過的、幾十年後的童野鎮。在未來的童野鎮擁有最新式設備的體育場中，流行的是一種以騎乘最先進的決鬥卡片，通過賽車的形式進行比賽的「Riding Duel」，故事就是以新主角—不動遊星展開的……遊戲王5DS漫畫以遊戲所在時代的數十年後的未來世界為舞臺，地點在“童實野町”，講的是 18歲的主角不動遊星集結5龍卡的全新故事！在遊戲王5DS的時代，十分流行以騎乘型最新決鬥盤進行的高速決鬥！遊星與使用決鬥盤和卡片遊戲組合的競技之王傑克?阿特拉斯進行對決。另外還有一旦戰鬥就會發揮出超能力的謎般少女十六夜，以及仰慕遊星的雙生子：哥哥龍亞與妹妹龍可，從小就投入到瞭激戰中去。他們會為大傢帶來什麼樣的精彩戰鬥場面呢？